El 8 de febrero del año 2014, el autor del videojuego Nguyen anunció en Twitter que el juego iba a ser removido de la App Store de Google Play, escribiendo, "Lo lamento usuarios de Flappy Bird, en 22 horas voy a retirar Flappy Bird, no puedo soportar más esto". El continúo diciendo que quitar el juego no tenía nada que ver con las cuestiones jurídicas. El 9 de febrero de 2014, casi exactamente 22 horas después de este anuncio, el juego fue destituido de ambas tiendas.
Después de la eliminación, muchos medios de comunicación informaron de que varios comerciantes de eBay estaban ofreciendo teléfonos con la aplicación instalada hasta por 900 dólares. La eliminación también dio lugar a nuevas versiones y parodias hechas por fans del juego, como el basado en la web Flappy Doge.
